MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L3/404/LN complete genome

Total Repeats: 20290

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020974	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463064
2	NC_020974	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478463064
3	NC_020974	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463064
4	NC_020974	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
5	NC_020974	GA	3	6	212	217	50 %	0 %	50 %	0 %	478463064
6	NC_020974	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463064
7	NC_020974	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463064
8	NC_020974	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
9	NC_020974	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463064
10	NC_020974	GGGA	2	8	394	401	25 %	0 %	75 %	0 %	478463064
11	NC_020974	CAG	2	6	413	418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463064
12	NC_020974	GCT	2	6	532	537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463064
13	NC_020974	AGTG	2	8	544	551	25 %	25 %	50 %	0 %	478463064
14	NC_020974	ATT	2	6	557	562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463064
15	NC_020974	TGGC	2	8	578	585	0 %	25 %	50 %	25 %	478463064
16	NC_020974	GCC	2	6	601	606	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478463064
17	NC_020974	TGC	2	6	660	665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463064
18	NC_020974	ATT	2	6	672	677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463064
19	NC_020974	CGA	2	6	694	699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463064
20	NC_020974	TAT	2	6	836	841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463064
21	NC_020974	AG	3	6	844	849	50 %	0 %	50 %	0 %	478463064
22	NC_020974	GAA	2	6	883	888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463064
23	NC_020974	AGA	2	6	912	917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463064
24	NC_020974	AGA	2	6	966	971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463064
25	NC_020974	CAA	2	6	1039	1044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463064
26	NC_020974	AATG	2	8	1063	1070	50 %	25 %	25 %	0 %	478463064
27	NC_020974	TTG	2	6	1182	1187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463064
28	NC_020974	CTC	2	6	1211	1216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463064
29	NC_020974	GAT	2	6	1273	1278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
30	NC_020974	GAT	2	6	1327	1332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
31	NC_020974	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478463064
32	NC_020974	ATG	2	6	1390	1395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
33	NC_020974	CTAT	2	8	1397	1404	25 %	50 %	0 %	25 %	478463064
34	NC_020974	CTT	2	6	1610	1615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463064
35	NC_020974	CAG	2	6	1675	1680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463064
36	NC_020974	TGA	2	6	1736	1741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
37	NC_020974	ATG	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463065
38	NC_020974	GTG	2	6	1939	1944	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463065
39	NC_020974	TCC	2	6	1948	1953	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463065
40	NC_020974	AGC	2	6	1962	1967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463065
41	NC_020974	T	6	6	1981	1986	0 %	100 %	0 %	0 %	478463065
42	NC_020974	AGC	2	6	1989	1994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463065
43	NC_020974	AAG	2	6	2000	2005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463065
44	NC_020974	TAC	2	6	2038	2043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463065
45	NC_020974	GCT	2	6	2048	2053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463065
46	NC_020974	AGTA	2	8	2086	2093	50 %	25 %	25 %	0 %	478463065
47	NC_020974	AAC	2	6	2146	2151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463065
48	NC_020974	AGA	2	6	2158	2163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463065
49	NC_020974	AGA	2	6	2414	2419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463066
50	NC_020974	ATC	2	6	2421	2426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463066
51	NC_020974	TGC	2	6	2441	2446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463066
52	NC_020974	ATGA	2	8	2490	2497	50 %	25 %	25 %	0 %	478463066
53	NC_020974	GATA	2	8	2528	2535	50 %	25 %	25 %	0 %	478463066
54	NC_020974	CAT	2	6	2565	2570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463066
55	NC_020974	AGA	2	6	2594	2599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463066
56	NC_020974	AAG	2	6	2623	2628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463066
57	NC_020974	GGA	2	6	2658	2663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463066
58	NC_020974	AG	3	6	2750	2755	50 %	0 %	50 %	0 %	478463067
59	NC_020974	ATC	2	6	2787	2792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463067
60	NC_020974	TC	3	6	2831	2836	0 %	50 %	0 %	50 %	478463067
61	NC_020974	ATA	2	6	2937	2942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463067
62	NC_020974	AAC	2	6	2962	2967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463067
63	NC_020974	GGT	2	6	3016	3021	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463067
64	NC_020974	AAT	2	6	3122	3127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463067
65	NC_020974	TTC	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463067
66	NC_020974	GCA	2	6	3176	3181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463067
67	NC_020974	GGA	2	6	3224	3229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463067
68	NC_020974	CAG	2	6	3243	3248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463067
69	NC_020974	GTT	2	6	3260	3265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463067
70	NC_020974	GGT	2	6	3352	3357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463067
71	NC_020974	GA	3	6	3418	3423	50 %	0 %	50 %	0 %	478463067
72	NC_020974	T	6	6	3425	3430	0 %	100 %	0 %	0 %	478463067
73	NC_020974	AAG	2	6	3510	3515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463067
74	NC_020974	ATT	2	6	3572	3577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463067
75	NC_020974	TTG	2	6	3624	3629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463067
76	NC_020974	CATG	2	8	3706	3713	25 %	25 %	25 %	25 %	478463067
77	NC_020974	AAG	2	6	3735	3740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463067
78	NC_020974	AAG	2	6	3750	3755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463067
79	NC_020974	CAG	2	6	3792	3797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463067
80	NC_020974	GCT	2	6	3863	3868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463067
81	NC_020974	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478463067
82	NC_020974	TTCC	2	8	4011	4018	0 %	50 %	0 %	50 %	478463067
83	NC_020974	AAG	2	6	4029	4034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463067
84	NC_020974	CAG	2	6	4079	4084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463067
85	NC_020974	GGA	2	6	4166	4171	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463067
86	NC_020974	AAT	2	6	4176	4181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463067
87	NC_020974	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478463068
88	NC_020974	ATT	2	6	4256	4261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463068
89	NC_020974	TGA	2	6	4286	4291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463068
90	NC_020974	TTTA	2	8	4409	4416	25 %	75 %	0 %	0 %	478463068
91	NC_020974	GTA	2	6	4518	4523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463068
92	NC_020974	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478463068
93	NC_020974	AGA	2	6	4565	4570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463068
94	NC_020974	ATCC	2	8	4709	4716	25 %	25 %	0 %	50 %	478463068
95	NC_020974	GAA	2	6	4749	4754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463068
96	NC_020974	CGT	2	6	4881	4886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463068
97	NC_020974	A	7	7	4925	4931	100 %	0 %	0 %	0 %	478463068
98	NC_020974	GTT	2	6	4932	4937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463068
99	NC_020974	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478463068
100	NC_020974	A	7	7	4971	4977	100 %	0 %	0 %	0 %	478463068
101	NC_020974	TGA	2	6	5069	5074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463068
102	NC_020974	AT	3	6	5111	5116	50 %	50 %	0 %	0 %	478463068
103	NC_020974	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478463068
104	NC_020974	TTG	2	6	5164	5169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463068
105	NC_020974	TTC	2	6	5305	5310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463068
106	NC_020974	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463068
107	NC_020974	AGA	2	6	5417	5422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463068
108	NC_020974	GTT	2	6	5444	5449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463068
109	NC_020974	GACG	2	8	5456	5463	25 %	0 %	50 %	25 %	478463068
110	NC_020974	GGT	2	6	5492	5497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463068
111	NC_020974	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478463068
112	NC_020974	TTGG	2	8	5559	5566	0 %	50 %	50 %	0 %	478463068
113	NC_020974	CTC	2	6	5596	5601	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463068
114	NC_020974	AGC	2	6	5627	5632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463068
115	NC_020974	ATT	2	6	5746	5751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463069
116	NC_020974	TCT	2	6	5764	5769	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463069
117	NC_020974	GCT	2	6	5810	5815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463069
118	NC_020974	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478463069
119	NC_020974	GAT	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463069
120	NC_020974	TC	3	6	5861	5866	0 %	50 %	0 %	50 %	478463069
121	NC_020974	GA	3	6	5872	5877	50 %	0 %	50 %	0 %	478463069
122	NC_020974	ACG	2	6	5883	5888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463069
123	NC_020974	GAA	2	6	5907	5912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463069
124	NC_020974	TGGA	2	8	5920	5927	25 %	25 %	50 %	0 %	478463069
125	NC_020974	AT	3	6	5976	5981	50 %	50 %	0 %	0 %	478463069
126	NC_020974	AGA	3	9	5984	5992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463069
127	NC_020974	GCT	2	6	5993	5998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463069
128	NC_020974	AGA	2	6	6002	6007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463069
129	NC_020974	TGG	2	6	6038	6043	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463069
130	NC_020974	AGA	3	9	6056	6064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463069
131	NC_020974	GGA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463069
132	NC_020974	TG	3	6	6129	6134	0 %	50 %	50 %	0 %	478463069
133	NC_020974	TA	3	6	6200	6205	50 %	50 %	0 %	0 %	478463069
134	NC_020974	T	6	6	6207	6212	0 %	100 %	0 %	0 %	478463069
135	NC_020974	TCA	2	6	6250	6255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463069
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